La Junta de Calificación y Promoción está integrada por investigadoras e investigadores de reconocida trayectoria en sus disciplinas, con categoría equivalente o superior a la clase de Investigador Independiente. En su conformación tiene en cuenta el equilibrio disciplinario, de género y geográfico.
Su misión es compatibilizar los criterios entre disciplinas para la evaluación de ingresos y promociones en la Carrera del Investigador Científico y Tecnológico. El asesoramiento de la Junta se sustenta en criterios de calidad, excelencia académica y pertinencia, considerando las recomendaciones formuladas por las Comisiones Asesoras.
Cuando la Junta discrepa con la categoría propuesta o el orden de mérito recomendado, debe fundamentar de manera expresa los criterios que sustenta su recomendación.
Los miembros de la Junta son designados por el Directorio. Su actuación tiene una duración máxima de tres años, renovándose su integración por tercios de manera anual, conforme a la normativa vigente.