La Junta Técnica es un órgano asesor del Directorio constituido por investigadoras e investigadores de reconocida trayectoria de la Carrera del Investigador Científico y Tecnológico y por integrantes de la clase Profesional Principal de la Carrera del Personal de Apoyo. Su conformación contempla el equilibrio disciplinario, de género y geográfico.
La Junta Técnica interviene en el análisis de las evaluaciones de ingresos y promociones de la Carrera del Personal de Apoyo.
Su asesoramiento se sustenta en criterios de calidad, excelencia académica y pertinencia, considerando los perfiles y recomendaciones de los Comités de Evaluación. Cuando la Junta discrepa con la categoría propuesta o con el orden de mérito recomendado, debe fundamentar claramente los criterios de su recomendación.
Los miembros de la Junta son designados por el Directorio. Su actuación tiene una duración máxima de tres años, renovándose su integración por tercios anualmente.