Es el órgano asesor del Directorio que debe compatibilizar los criterios entre disciplinas para la evaluación de las promociones e ingresos de la Carrera del Investigador Científico y Tecnológico.
Los dictámenes de la Junta, que se sustentan en criterios de calidad, excelencia académica y pertinencia, deberán considerar las recomendaciones de las Comisiones Asesoras Disciplinarias. Cuando la Junta discrepe con la categoría del investigador o el orden de mérito recomendado por la Comisión, deberá fundamentar claramente los criterios de su recomendación.
Los miembros de la Junta son designados por el Directorio. Su actuación tiene una duración máxima de tres años renovándose su integración por tercios cada año.